一般讲的微生物肥料，其实是一种菌剂，是一类微生物群体。微生物菌剂的作用原理这类微生物菌剂能够提供一种或多种对作物生长有益的微生物群落。由于农业上应用的微生物菌剂常常和草炭、泥炭、有机肥料等有机质含量较高的基质混合在一起，所以习惯上把微生物菌剂称为微生物肥料，人们俗称为“菌肥”。
（图：Rw微生物菌剂）
微生物菌剂的作用机理根本不同于化学肥料。能够提供一种微生物群落的叫“单一微生物肥料”或“专一微生物菌剂”；能够提供两种以上多种微生物群落的叫“复合微生物菌剂”。根据微生物的作用划分，可以将微生物菌剂划分为“固氮细菌”、“解磷细菌”、“解钾细菌”、“腐解细菌”等。微生物菌剂的作用原理这些微生物菌剂都可以选择性地为农业生产服务。
微生物菌剂的作用主要是提供对作物生长有益的“微生物群落”，而不是“营养元素”。这些有益的微生物施到土壤中后，能产生各种不同作用。
例如：以固氮细菌为主的微生物菌剂能通过细菌的活动，固定空气中的氮元素，供作物生长时吸收利用，即“固氮”作用；以解磷细菌为主的微生物菌剂则通过细菌的活动，分解土壤中部分不能被作物吸收的磷元素，使磷从土壤中分解出来，供作物生长时吸收利用，即“解磷”作用；以解钾细菌为主的微生物菌剂主要作用是，通过细菌的活动，分解土壤中部分不能被作物吸收的钾元素，使钾从土壤中分解出来，供作物生长时吸收利用，即“解钾”作用。同时，微生物在土壤中的生活、活动，可产生很多代谢产物或分泌物，这些分泌物对作物的生长有刺激作用。
微生物菌剂的作用原理总的来讲，微生物菌剂的作用就是细菌的固定、分解、分泌作用，影响到土壤中的营养养分的变化。土壤中营养养分变化了，生长在土壤中的作物的生长情况当然也要变化。所以，微生物的作用是“作用”于土壤中、“反应”在作物上。如果土壤养分太低，微生物菌剂也无回天之力，还得加施有机肥或化肥。
以上就是微生物菌剂的作用原理的介绍，大家在了解之后，可以根据实际的种植情况，更加合理的选择和利用微生物菌剂。