在有机肥发酵中，好氧好酵是重要的，严格的发酵过程中，透气性的好与坏直接影响到厌氧菌或好氧菌的繁殖，有机肥好氧发酵中常见的问题。
（图：有机肥好氧发酵过程）
好氧发酵温度高，厌氧发酵温度低；进入的空气越多，温度越高，反之温度越低；空气越多时，微生物繁殖越多，反之繁殖越少；菌体蛋白并非一定比植物蛋白好等等；由此再引申出以下结论：
有机肥好氧发酵中常见的问题
1、以喂养动物为目的的发酵糟渣发酵中，应该尽量用厌氧发酵法（尽量压实压紧密封好），以避免产生高温高热的现象，以免损耗消化能代谢能，以及损失维生素等；
2、有机肥好氧发酵中常见的问题在发酵制作堆肥，以制作肥料为目的的发酵中，才需要采用好氧发酵，产生大量的热量和温度，来消耗掉物料中的能量，以免将来做肥料时，造成烧根；
3、越是疏松的发酵物料如（啤酒糟、统糠、麦麸米糠、带壳的酒糟、秸秆……），越容易在物料内部藏有空气，越容易发酵产热，发酵温度也较高，对于这些物料，须用力压实压紧（作有机肥除外）；
4、鸡粪本身含非蛋白氮比较多，真蛋白率比较少，所以，相对其他糟渣的发酵来讲，需要一定的好氧发酵，目的是适当繁殖微生物菌体，让微生物来同化非蛋白氮，成为菌体蛋白，提高真蛋白率。
5、有机肥好氧发酵中常见的问题，如果一直有空气源源不断地进入物料中，进行持续的好氧发酵，则最终会把物料中所有的可利用的能量消耗殆尽，这对于做肥料来说是可以的（不会烧根），但对于发酵的目的是为了喂动物作饲料来说，则是灾难性的（能量是动物重要的营养之一），是不好的。