没有经过处理的牛粪上地，它产生热量，消耗土壤氧气，导致烧根烧苗，还对寄生虫的卵、病源微生物起到传播作用。因而，牛粪需要处理才能使用，使用牛粪发酵剂发酵牛粪生产的有机肥，成本小，肥效高，对促进农作物增加产收量，提高农民收入起到帮助作用。
使用牛粪发酵剂可以分解蛋白质、纤维素、半纤维素、木质素等，并结合嗜热、耐热细菌、真菌、酵母菌及相关分解酶。达到升温、除臭、消除病虫害、杂草种子，改善营养的效果。在适宜的条件下，能够将堆料中的碳、氮、磷、钾、硫等分解矿化，形成简单有机物，从而进一步分解为作物可吸收的营养成分。
将牛粪发酵成肥料的具体操作方法是：
1、备料加菌：准备发酵的粪便，尽量是新鲜的牛粪（新鲜粪便的发酵比旧粪便要好），例如：约2.5-3.5吨新鲜牛粪加上1公斤牛粪发酵，首先混合牛用米糠（或玉米粉、麦麸）制成的粪便发酵剂，比例为1：5至10，以备后用。
2、牛粪建堆：在传播细菌的同时建造准备好的牛粪。堆高和体积不能太短或太小。要求：桩高为1.5-2米，宽度为2米，长度为2-4米。
3、调节湿度。发酵牛粪的水分含量应控制在60％至65％。水分判断：用手紧紧抓住牛粪，注意手指上有水印，但不要滴水，建议跌倒在地上。用更少的水发酵就很慢，而用更多的水则通风不良，而且还会导致“腐败菌”起作用并产生异味。因此，须掌握水分含量。
4、启动温度。启动温度应在15℃以上较好（四季可作业，不受季节影响，冬天尽量在室内或大棚内发酵），发酵升温控制在70-75℃以下为宜。
5、充分混合并通风。牛粪发酵剂需要良好的（有氧）发酵。因此，在操作过程中，应增加氧气供应措施以充分混合、转移、通风是适当的。否则，会引起厌氧发酵并产生异味，从而影响施肥效果。
6、发酵完成。通常，牛粪积累48小时后，温度上升至50-60°C，第三天温度可达到65°C以上。在此高温下应将其翻转一次。通常，高于65°C的温度在发酵过程中会出现两次。高温下，翻倒两次即可完成发酵，正常一周内即可完成发酵。该物质为深棕色，并且温度开始下降至常温，表明发酵已完成。