有机肥生产中的恶臭来源：有机肥生产中的恶臭主要来自原料的腐烂和变质，有机肥的发酵和有机肥的干燥等。有机肥生产中存在多种恶臭物质，一般为氨、硫化氢等，对人体呼吸、消化、心血管、内分泌和神经系统造成不同程度的毒性。即使没有健康危害，一些恶臭也会对人类精神或情绪产生刺激和影响。
堆肥发酵过程中的臭味产生阶段：主要产生于发酵初期，由于有机物的降解容易分解，消耗大量的氧气，导致局部缺氧和产生小分子有机物和硫化氢等。由于pH值较低不易产生氨挥发，约1-2周后，随着堆肥pH值的增加，出现了大量的氨挥发，堆肥已逐渐完成堆肥发酵。
堆肥发酵过程中臭味的抑制和消除：通过调节物料的通风，增加通风和添加吸附材料，在一定程度上抑制了臭味的产生。然而，由于发酵原料数量多、气味浓度高、场地相对封闭，发酵现场的臭味浓度高，有时还会出现300 mg/L的氨浓度。这也导致营养物质的大量流失。需要采取措施收集和处理这一问题。
近年来，随着环境污染控制的逐步完善，有关臭味污染的投诉越来越多。挥发性有机化合物的污染在我国越来越受到重视。在工厂设施建设中，建立合适的规模除臭装置，是防止空气污染，减少与周边居民纠纷的根本。如果不理会除臭措施，在与周围居民发生纠纷或环境当局的批评后进行施工，届时的成本会高。
目前去除臭味的方法有水洗法、化学处理法、燃烧法、吸附法、空气稀释法、掩蔽法、臭氧氧化法、等离子体法和生物脱臭法等。生产中应用广泛的方法之一是生物脱臭，即通过生化反应分解和转化气味成分，在生物体的作用下达到脱臭的目的。目前，利用微生物处理恶臭，也被称为微生物脱臭。这种方法的优点是操作成本低，节省能源和资源，易于维护。