有机肥常用的发酵方法有好氧发酵和厌氧发酵之分，在发酵过程中，空气渗透性的好坏直接影响厌氧菌或好氧菌的繁殖。在有机肥发酵过程中，好氧发酵是重要的；好氧发酵温度越高，厌氧发酵温度越低，进气越多，温度越高，温度越低；空气越多，微生物繁殖越多，反而越少，细菌蛋白不一定优于植物蛋白质等。那么，如何区分好氧发酵和厌氧发酵呢？
1.在发酵残渣饲养动物的过程中，应尽量采用厌氧发酵法（压实和密封），以避免高温高热现象，避免消化能代谢能的损失和维生素的流失等。
2.在堆肥和肥料的发酵过程中，需要好氧发酵产生大量的热量和温度，从而消耗材料中的能量，以免在今后制肥时引起根系燃烧。
3.发酵原料越松散（啤酒糟、稻草、小麦面筋和稻壳、壳粒、稻草），在原料中储存空气越容易，发酵和产生热量就越容易，发酵温度越高。这些材料须压实和压实（有机肥除外）。
4.鸡粪本身含有较多的非蛋白氮和较低的真蛋白率，因此，与其它渣土发酵相比，须进行一定的好氧发酵，才能使微生物适当繁殖，使微生物吸收非蛋白氮，转化为细菌蛋白，提高真蛋白率。
5.如果有持续的空气供应进入供连续有氧发酵的材料，它终将耗尽材料中的可用能量，而肥料可能（不会烧掉根），但为了发酵喂养动物的目的，（能量是动物重要的营养之一），这是不好的。