菌肥又常被称为生物肥或生物菌肥，说它是肥，它本身却不含植物生长发育所需要的营养元素，而是经过科学配方、组合加工研制而成的一种无公害新型复合生物肥，成分中含有大量的微生物，在土壤中主要是通过微生物的生命活动，改善作物的营养条件，那么菌肥如何施用才正确呢？
1、因地制宜对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不撒施菌肥，用喷雾的方法效果看得见。因温制宜高温、低温、干旱条件下的农田不宜施用菌肥。施用菌肥的合适温度是25-37℃，低于5℃或高于45℃时施用效果较差。
2、土壤含水量在60-70%之间时，菌肥的肥效较好。因混制宜不应将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥（如硫酸钾等）以及稻草灰等混用，因为这些药、肥很容易杀死生物菌。如果一定要用上述药、肥，可先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。将菌肥用于拌种时，勿将拌有菌肥的种子与已拌有杀菌剂的种子混合使用。
3、要防止将菌肥与未腐熟的农家肥混用。因量制宜对于多年施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大量减施化肥和有机肥。
因为农作物会对化肥产生依赖性，用生物菌肥取代氮肥，农作物一下子不能适应。菌肥的取代量应做到第1第2第3年分别取代氮肥的30%、40%和60%。磷、钾肥只能补足，不能减少。因时制宜生物菌肥不是速效肥，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前7-10天施用，效果看得见。